Одним из основных направлений деятельности агентства является координация с национальными органами с целью реализации совместных и международных проектов. АЯРБ НАНТ тесно сотрудничает со следующими министерствами и ведомствами Республики Таджикистан:

Министерство Юстиции Республики Таджикистан 

Министерство промышленности и новых технологий Республики Таджикистан 

Министерство иностранных дел Республики Таджикистан 

Комитет по чрезвычайным ситуациям и гражданской обороне при Правительстве Республики Таджикистан 

Министерство здравоохранения Республики Таджикистан 

Министерство финансов Республики Таджикистан 

Министерство экономического развития и торговли Республики Таджикистан 

Министерство обороны Республики Таджикистан