Яке аз самтҳои асосӣ дар фаъолияти Агентӣ - ин ҳамоҳангсозии корҳо бо ташкилоти байналмилалӣ ба шумор меравад. Агентии амнияти ХБРЯ АМИТ бо як қатор ташкилоти байналмилалӣ ҳамкории зич дорад, аз он ҷумла:
ҲАМКОРӢ БО АБНА
Пас аз он, ки дар соли 2001 Ҷумҳурии Тоҷикистон аъзои Агентии байналмиллалӣ оид ба энергияи атом (АБНА) гардид, зиёда аз 20 лоиҳаҳои миллӣ дар кишвар татбиқ карда шу два 3 лоиҳа барои солҳои 2018-2019 пешниҳод карда шудааст. Ҳашт лоиҳаҳо ба итмом расида, лоиҳаҳои дигар дар марҳилаи охир қарор доранд. Инчунин Ҷумҳурии Тоҷикистон дар зиёда аз 40 лоиҳаҳои минтақавӣ иштирок менамояд, ки 20-тои онҳо ба итмом расидаанд ва боқимонда бошад татбиқ гардида истодаанд.