Филиали Агентӣ аз маъмурият, сектори илмӣ-таҳқиқотӣ ва хизматрасониҳои техникӣ, бахши иҷозатномадиҳӣ, санҷиш ва вокуниш ба садамаҳои химиявӣ, биологӣ, радиатсионӣ ва ядроӣ иборат аст.
Бинои нави Филиали Агентӣ дар шаҳри Бӯстони вилояти Суғд бо мақсади амалӣ намудани ташаббуси Президенти Ҷумҳурии Тоҷикистон муҳтарам Эмомалӣ Раҳмон оид ба эълон намудани солҳои 2020-2040 “Бистсолаи омӯзиш ва рушди фанҳои табиатшиносӣ, дақиқ ва риёзӣ дар соҳаи илму маориф” ва Консепсияи миллии Ҷумҳурии Тоҷикистон оид ба безараргардонӣ ва солимгардонии маҳфузгоҳҳои партовҳои коркарди маъдани уран барои солҳои 2014-2024 бунёд карда шудааст.
Бинои нави Филиали Агентӣ аз 3 ошёна, таҳхона, 2 ошёнаи болоӣ дар масоҳати қитъаи замини 607 метри мураббаъ иборат буда, аз ҷониби муҳандис-бинокорони шуъбаи сохтмони асосии Академияи миллии илмҳои Тоҷикистон сохта шудааст.